Jest absolwentem I Wydziału Lekarskiego Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego, członkiem Polskiego Towarzystwa Urologicznego oraz European Association of Urology. Ukończył liczne staże w renomowanych klinikach na Tajwanie, w Portugalii i Tajlandii, co wzbogaciło jego doświadczenie zawodowe. Obecnie jest specjalizantem urologii w Klinice Urologii Ogólnej, Onkologicznej i Czynnościowej WUM.

Jego główne obszary działalności to małoinwazyjna urologia, leczenie żylaków powrózka nasiennego, endoskopia urologiczna, diagnostyka i leczenie zaburzeń dolnych dróg moczowych oraz onkologia urologiczna. Lek. med. Mateusz Bajkowski zajmuje się również andrologią, leczeniem płodności u mężczyzn oraz przeprowadza zabiegi plastyczne w obrębie moszny i prącia.

Zajmuje się także diagnostyką USG w urologii, w tym USG moszny, jąder, TRUS oraz biopsją fuzyjną prostaty. Prowadzi pacjentów w trakcie terapii hormonalnej oraz zajmuje się diagnostyką nowotworów układu moczowego.